Wakala unaongozwa na Afisa Mtendaji Mkuu ambaye huteuliwa na Waziri mwenye dhamana kwa kushauriana na Katibu Mkuu. Aidha, Wakala una Bodi (Ministerial Advisory Board) ambayo imepewa jukumu la kumshauri Waziri kuhusu utendaji kazi wa Wakala.

Afisa Mtendaji Mkuu anasaidiwa na Wakurugenzi watatu,Wakuu wa Vitengo watano na Mameneja nane wa Kanda. Wasaidizi hao ni Mkurugenzi Huduma Saidizi, Mkurugenzi wa Hifadhi ya Chakula, Mkurugenzi wa Masoko na Wakuu wa Vitengo vya Fedha na Uhasibu, Ukaguzi wa Ndani, Manunuzi, Huduma za Sheria na TEHAMA.

Mkurugenzi wa Huduma Saidizi anasaidiwa na Mameneja watatu ambao ni Meneja wa Rasilimali Watu na Utawala, Meneja wa Milki na Uwekezaji na Meneja wa Mipango, Ufuatiliaji na Tathimini. Aidha Mkurugenzi wa Hifadhi ya Chakula anasaidiwa na Mameneja wawili ambao ni Meneja wa Uhifadhi na Meneja wa Uendeshaji.

Wakala una jumla ya watumishi 245 waliopo Makao Makuu na Kanda.